Usulüne göre yürürlüğe konulmuş milletlerarası andlaşmalar kanun hükmündedir. Temel hak ve özgürlüklere ilişkin andlaşma ile kanun çatışmasında andlaşma hükmü esas alınır (AY m.90/son).
Milletlerarası andlaşmaların iç hukuktaki yeri, uluslararası hukuk ile ulusal hukuk arasındaki ilişkinin en kritik boyutlarından birini oluşturur. AY m.90, usulüne göre yürürlüğe konulmuş milletlerarası andlaşmaların kanun hükmünde olduğunu ve bunlar hakkında Anayasaya aykırılık iddiasıyla Anayasa Mahkemesi'ne başvurulamayacağını hükme bağlamıştır. Bu düzenleme, Türk hukuk sisteminde milletlerarası andlaşmalara özel bir konum tanımaktadır.
2004 yılında AY m.90'a eklenen son fıkra, temel hak ve özgürlüklere ilişkin milletlerarası andlaşmalar ile kanunların aynı konuda farklı hükümler içermesi halinde andlaşma hükümlerinin esas alınacağını belirterek, bu alanda andlaşmalara kanun üstü bir değer tanımıştır. Bu değişiklik, Türk anayasa hukukunda milletlerarası andlaşmaların normlar hiyerarşisindeki konumunu köklü biçimde etkilemiştir.
AY m.90/1 uyarınca usulüne göre yürürlüğe konulmuş milletlerarası andlaşmalar kanun hükmündedir. Bu hükmün birkaç önemli sonucu vardır:
Birincisi, milletlerarası andlaşmalar iç hukukta doğrudan uygulanabilir niteliktedir. Ayrıca bir iç hukuk düzenlemesine dönüştürülmelerine gerek yoktur. Usulüne göre yürürlüğe giren bir andlaşma, iç hukukta doğrudan hak ve yükümlülükler doğurur.
İkincisi, kanun hükmünde olan andlaşmalar hakkında Anayasaya aykırılık iddiasıyla Anayasa Mahkemesi'ne başvurulamaz. Bu düzenleme, uluslararası yükümlülüklerin iç hukuk denetiminden korunmasını sağlamakta ve uluslararası hukuka uyumluluğu güvence altına almaktadır.
Üçüncüsü, andlaşmalar kanun düzeyinde normlar oldukları için yasama organının sonradan çıkaracağı bir kanunla andlaşma hükümlerini değiştirip değiştiremeyeceği tartışmalıdır. Genel ilke olarak, uluslararası hukuk yükümlülüklerinin tek taraflı iç hukuk işlemiyle ortadan kaldırılması uygun görülmemektedir.
2004 yılında AY m.90'a eklenen son fıkra, milletlerarası andlaşmaların iç hukuktaki konumuna yeni bir boyut kazandırmıştır. Bu hükme göre: "Usulüne göre yürürlüğe konulmuş temel hak ve özgürlüklere ilişkin milletlerarası andlaşmalarla kanunların aynı konuda farklı hükümler içermesi nedeniyle çıkabilecek uyuşmazlıklarda milletlerarası andlaşma hükümleri esas alınır."
Bu düzenleme, özellikle Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi (AİHS) ve diğer insan hakları sözleşmelerinin iç hukuktaki uygulaması bakımından büyük önem taşır. Bir kanun hükmü ile temel haklara ilişkin bir andlaşma hükmü çatıştığında, andlaşma hükmü öncelikle uygulanacaktır. Bu durum, andlaşma hükmüne kanun üstü bir değer tanımakta ve normlar hiyerarşisinde özel bir konum oluşturmaktadır.
Yargı organları, bu hükmü uygularken karşılaştıkları önemli meselelerden biri, bir andlaşmanın temel hak ve özgürlüklere ilişkin olup olmadığının belirlenmesidir. AİHS, BM Medeni ve Siyasi Haklar Uluslararası Sözleşmesi ve BM Ekonomik, Sosyal ve Kültürel Haklar Uluslararası Sözleşmesi gibi andlaşmalar açıkça bu kapsamdadır.
Milletlerarası andlaşmaların normlar hiyerarşisindeki yeri, Türk anayasa hukuku doktrininde tartışmalı bir konudur. Genel kabul gören görüşe göre andlaşmalar, kanun düzeyinde normlar olarak anayasanın altında fakat kanunlarla eşit düzeyde yer alır. Ancak 2004 değişikliğiyle temel haklara ilişkin andlaşmaların kanunlar üstü konuma yükseltilmesi, bu genel kuralın önemli bir istisnasını oluşturmaktadır.
Anayasa ile andlaşma arasındaki ilişki ise daha karmaşık bir mesele oluşturur. Andlaşmalar hakkında Anayasaya aykırılık denetimi yapılamaması, andlaşmaların fiilen anayasa düzeyinde bir korumaya sahip olduğu şeklinde yorumlanabilir. Ancak bu durum, andlaşmaların anayasanın üstünde olduğu anlamına gelmez.