Laiklik ilkesi doğrultusunda, bütün siyasi görüş ve düşünüşlerin dışında kalarak genel idare içinde yer alan, İslam dininin inançları ve ibadet esasları konusunda hizmet sunan kuruluştur (AY m.136).
Diyanet İşleri Başkanlığı, İslam dininin inançları, ibadet ve ahlak esasları ile ilgili işleri yürütmek, din konusunda toplumu aydınlatmak ve ibadethaneleri yönetmek üzere kurulmuş bir devlet kuruluşudur. AY m.136, Diyanet İşleri Başkanlığı'nın genel idare içinde yer aldığını ve görevlerini laiklik ilkesi doğrultusunda, bütün siyasi görüş ve düşünüşlerin dışında kalarak millet dayanışması ve bütünleşmesi amacına yönelik olarak yerine getireceğini hükme bağlamıştır.
Diyanet İşleri Başkanlığı, 3 Mart 1924 tarihli ve 429 sayılı Kanun ile kurulmuş olup Cumhuriyet'in kuruluş döneminden bu yana Türk devlet teşkilatında önemli bir yere sahiptir. Kurumun varlığı, Türk laiklik anlayışının kendine özgü niteliğini yansıtmaktadır. Batı tipi laiklikte din ve devlet kurumları tamamen ayrılırken, Türk laiklik modelinde devlet din hizmetlerini genel idare içinde örgütlenmiş bir kurum aracılığıyla yürütmektedir.
AY m.136'nın en dikkat çekici yönü, Diyanet İşleri Başkanlığı'nın laiklik ilkesi doğrultusunda faaliyet göstereceğini açıkça belirtmesidir. Bu hüküm, din hizmetlerinin devlet eliyle sunulmasının laikliğe aykırı olmadığını, aksine laiklik ilkesinin bir gereği olarak değerlendirilmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.
Türk laiklik anlayışında din hizmetlerinin devlet tarafından sunulması, dinin siyasi amaçlarla istismar edilmesinin önlenmesi, toplumun din konusunda doğru bilgilendirilmesi ve ibadet hizmetlerinin düzenli biçimde yürütülmesi amaçlarına hizmet eder. Ancak bu model, laiklik ilkesinin gereği olan din ve devlet ayrılığı ilkesiyle çelişip çelişmediği tartışmalara konu olmuştur.
Anayasa Mahkemesi kararlarında Diyanet İşleri Başkanlığı'nın laiklik ilkesiyle bağdaştığı vurgulanmış ve kurumun varlığının din ve vicdan özgürlüğünü güvence altına almak amacı taşıdığı ifade edilmiştir. Bununla birlikte, kurumun yalnızca Sünni-Hanefi yorumu çerçevesinde hizmet sunduğu ve diğer mezhep ve inanç gruplarını yeterince kapsamadığı yönündeki eleştiriler, özellikle Alevi toplulukları tarafından dile getirilmektedir.
Diyanet İşleri Başkanlığı'nın başlıca görevleri şunlardır: İslam dininin inançları, ibadet ve ahlak esasları ile ilgili işleri yürütmek ve bu konularda toplumu aydınlatmak, cami ve mescitleri yönetmek ve imamlık, hatiplik ve müezzinlik gibi hizmetleri organize etmek, din eğitimi ve din hizmetleri alanında faaliyet göstermek, fetva vermek ve dini konularda görüş bildirmek, Kur'an kurslarını açmak ve yönetmek, hac ve umre organizasyonlarını düzenlemek.
Başkanlık, merkez ve taşra teşkilatı ile yurtdışı teşkilatından oluşur. Taşra teşkilatı il ve ilçe müftülükleri biçiminde örgütlenmiştir. Yurtdışı teşkilatı ise yurtdışında yaşayan Türk vatandaşlarına din hizmeti sunmak amacıyla faaliyet gösterir.
AY m.136, Diyanet İşleri Başkanlığı'nın genel idare içinde yer aldığını açıkça belirtmektedir. Bu düzenleme, kurumun bağımsız bir idari otorite olmadığını, devlet teşkilatının organik bir parçası olarak faaliyet gösterdiğini ortaya koyar. Başkanlık, Cumhurbaşkanlığı teşkilatı içinde yer almaktadır.
Genel idare içinde yer almasının önemli sonuçları vardır: kurum bütçesi genel bütçe kapsamındadır, personeli devlet memuru statüsündedir ve kurum hiyerarşik olarak üst yönetime bağlıdır. Diyanet İşleri Başkanlığı'nın bütçesi, kamu kurumları arasında en yüksek bütçelerden birine sahip olması nedeniyle kamuoyunda tartışma konusu olmaktadır.