Yükseköğretim kurumlarının öğretimini planlamak, düzenlemek ve denetlemek amacıyla kurulan anayasal kuruluştur (AY m.131). Üniversitelerin akademik ve idari özerkliği bu kurul çerçevesinde şekillenir.
Yükseköğretim Kurulu (YÖK), Türkiye'deki yükseköğretim kurumlarının eğitim-öğretim faaliyetlerini planlamak, düzenlemek, yönetmek ve denetlemek amacıyla kurulmuş anayasal bir kuruluştur. AY m.131, YÖK'ün kuruluşunu ve görevlerini doğrudan düzenlemiş olup Kurul'a anayasal statü tanımıştır. 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ise YÖK'ün işleyişine ilişkin ayrıntılı hükümleri içermektedir.
AY m.131 uyarınca yükseköğretim kurumlarının öğretimini planlamak, düzenlemek, yönetmek, denetlemek, eğitim-öğretim ve bilimsel araştırma faaliyetlerini yönlendirmek; bu kurumların kanunda belirtilen amaç ve ilkeler doğrultusunda kurulmasını, geliştirilmesini ve üniversitelere tahsis edilen kaynakların etkili biçimde kullanılmasını sağlamak amacıyla Yükseköğretim Kurulu kurulur. Bu hüküm, YÖK'e geniş kapsamlı bir planlama ve koordinasyon yetkisi vermektedir.
YÖK, kanunda belirlenen sayıda üyeden oluşur. Üyeler; Cumhurbaşkanı tarafından doğrudan atanan üyeler, üniversitelerarası kurulca seçilen üyeler ve Cumhurbaşkanınca atanan diğer üyelerden meydana gelir. Üyelerin belirli akademik niteliklere sahip olması aranır ve görev süreleri kanunla belirlenmiştir.
YÖK Başkanı, Cumhurbaşkanı tarafından atanır ve Kurul'un yürütme organı olarak görev yapar. Başkan, YÖK'ün gündemini belirler, toplantıları yönetir ve Kurul kararlarının uygulanmasını sağlar. Genel Kurul ise YÖK'ün en üst karar organıdır ve yükseköğretimle ilgili temel politika kararlarını alır.
YÖK'ün en temel işlevi, yükseköğretim alanında planlama ve koordinasyondur. Bu kapsamda YÖK; yeni üniversitelerin kurulmasına ilişkin görüş bildirir, fakülte ve bölümlerin açılmasını onaylar, kontenjan belirlemelerini yapar ve eğitim programlarının uyumlaştırılmasını sağlar. Eğitim-öğretim standartlarının belirlenmesi ve kalite güvencesinin sağlanması da YÖK'ün planlama işlevinin önemli boyutlarındandır.
Denetim yetkisi kapsamında YÖK, üniversitelerin eğitim-öğretim faaliyetlerinin mevzuata uygunluğunu inceler. Akademik değerlendirme ve kalite güvence süreçleri, bu denetimin önemli bir boyutunu oluşturur. Bununla birlikte 2015 yılında kurulan Yükseköğretim Kalite Kurulu, kalite güvence alanında ayrı bir kurum olarak görev yapmaya başlamıştır.
YÖK ayrıca yurtdışındaki yükseköğretim kurumlarından alınan diploma ve derecelerin tanınması (denklik) işlemlerini de yürütür. Denklik kararları, yurtdışında eğitim almış kişilerin Türkiye'deki mesleki ve akademik haklarını doğrudan etkilediğinden büyük önem taşır.
YÖK'ün varlığı ve yetkileri, üniversite özerkliği bağlamında süregelen bir tartışma konusudur. AY m.130, üniversitelerin kamu tüzel kişiliğine sahip, bilimsel özerkliği olan kurumlar olduğunu belirtmektedir. Bilimsel özerklik, üniversitelerin eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerini bağımsız biçimde yürütebilmelerini ifade eder.
Ancak YÖK'ün geniş planlama ve denetim yetkileri ile üniversitelerin bilimsel özerkliği arasında bir gerilim söz konusudur. Eleştirmenler, YÖK'ün merkeziyetçi yapısının üniversitelerin akademik özgürlüğünü ve kurumsal özerkliğini kısıtladığını ileri sürmektedir. Öte yandan YÖK'ün savunucuları, yükseköğretim alanında asgari kalite standartlarının sağlanması ve kaynakların etkin dağıtılması için merkezi bir koordinasyonun zorunlu olduğunu vurgulamaktadır.
Bu tartışma, Türk yükseköğretim sisteminin temel yapısal sorunlarından biri olarak güncelliğini korumaktadır. Uluslararası karşılaştırmalarda Türkiye'nin merkeziyetçi yükseköğretim modeli, daha özerk üniversite yapılarına sahip ülke modelleriyle sıklıkla karşılaştırılmaktadır.